Коллекции Гербария им. П.Н. Крылова Томского государственного университета представляют собой собрание фиксированных высушиванием под прессом и документированных образцов растений. Единицей количественного учета фонда является гербарный лист – лист бумаги гербарного формата со смонтированными на нем растениями (растением или его частью) и наклеенной этикеткой, включающей название вида растения, информацию о месте и дате сбора и фамилии коллектора.
Первыми коллекциями Гербария, в то время называвшегося Ботаническим музеем Императорского Томского университета, были: ботаническая коллекция из полярных стран Сибири и Америки, собранная экспедицией Н. Норденшельда на корабле «Вега», доставленная в Томск в 1882 г. по предложению А.М. Сибирякова и переданная В.М. Флоринскому; небольшая коллекция, привезенная П.Н. Крыловым из Казани, гербарные сборы, сделанные им по пути из Казани в Томск, коллекции, поступившие из Томской губернской гимназии и Алексеевского Томского реального училища (1885 г.). Кроме того, в ответ на обращение П.Н. Крылова «От Ботанического музея Томского университета» с просьбой собирать и присылать коллекции растений, в музей стали поступать большие и малые коллекции с территории Сибири, Дальнего Востока и Средней Азии. После организации Гербария основным коллектором был его основатель П.Н. Крылов, он же оформлял и систематизировал коллекции, с 1893 г. в пополнении фонда стал участвовать заведующий кафедрой ботаники В.В. Сапожников, а с 1908 г. – студенты Императорского Томского университета, Томского Технологического института и слушательницы Сибирских высших женских курсов. К 1913 г. Гербарий содержал 142500 листов, было выделено 7 отделов: Алтая и Томской губернии, общий (из разных стран мира), Семипалатинска и Семиречья, Северной Монголии и Урянхайской Земли, Енисейской губернии, Тобольской губернии, Восточной Сибири, причем оформлены были только первые 2, остальные намечены.
Современный коллекционный фонд Гербария ТГУ составляет более 500 тыс. образцов, специализация – сосудистые растения (папоротники, хвощи, плауны, голосеменные и покрытосеменные). По величине фонда Гербарий ТГУ входит число крупнейших Гербариев России и является третьим в системе высшего образования. В формирование гербарного фонда внесли вклад более 2 тыс. коллекторов. Для расположения коллекций принято подразделение на отделы, соответствующие крупным территориям, внутри отделов коллекции располагаются по систематическому принципу в соответствии с системой А. Энглера.
Гербарный фонд разделен на 13 отделов: Западной Сибири, Приенисейской Сибири, Восточной Сибири, Тувы и Монголии, Средней Азии, общий, тропический, арктический, споровых растений (лишайники и мохообразные), типовых образцов, учебный, тематических коллекций, дублетный; намечен отдел с рабочим названием «Отдел новых коллекций». Для учета коллекций на каждый отдел заведены инвентарные книги, в которых помещается информация о числе образцов каждого вида.