Дублетный отдел Гербария (около 20 тыс. гербарных листов) образован в 1922 г., когда началось окончательное оформление всех накопившихся с момента основания Гербария коллекций, и далее пополнялся при обработке и оформлении всех поступающих в Гербарий материалов. Отдел включает дублетные (повторные) экземпляры сосудистых растений, главным образом с территории Сибири. Особенностью дублетного фонда Гербария ТГУ является то, что в него включены не только повторные экземпляры (истинные дублеты), но и обычные растения из мест, не представляющих особого интереса в ботанико-географическом отношении, и экземпляры из близких пунктов. Материалы дублетного фонда хранятся немонтированными, без коробок. Дублетный отдел является расходным. Из него отбираются образцы для обмена, подбираются небольшие коллекции для учебных заведений, для обслуживания учебного процесса, дублеты используются для обмена с другими российскими и зарубежными Гербариями, также для научной работы аспирантов, докторантов, студентов. Нередко, в основном в результате просмотра отдельных групп растений при работе над диссертациями, среди дублетов находятся ценные образцы, которые отправляются в основной фонд. Все материалы дублетного отдела в Гербарии ТГУ доступны для пользования.
Арктический отдел (около 1400 гербарных листов) выделен и оформлен в 1926 г. Л.П. Сергиевской. Содержит сборы из Арктики, Гренландии, Шпицбергена. Сюда входит историческая коллекция Н. Норденшельда, собранная в путешествии на корабле «Вега». Отдел выделен довольно условно, растения из Арктической Сибири хранятся также в отделах Западной, Приенисейской и Восточной Сибири. В настоящее время не пополняется.
Тропический отдел (около 900 гербарных листов) выделен и оформлен в 1933 г. Л.П. Сергиевской на основе сборов с Филиппинских островов, Суматры др., присланных в обмен Мериллем. Отдел лишь в малой степени характеризует тропическую флору, многие виды тропических растений хранятся в общем отделе. Использовался для демонстрации на лекциях и экскурсиях. В настоящее время не пополняется.
Отдел споровых растений (лишайники и мохообразные) (около 12 тыс. образцов) образован в 1926 г. Содержит образцы лишайников (около 5 тыс. образцов) и мохообразных (около 6 тыс. образцов) собранных на территории Сибири и в других районах Азиатской России, есть сборы из Европейской России и Западной Европы. Коллекция лишайников с момента ее образования определялась известным лихенологом академиком М.П. Томиным. Коллекция мохообразных содержит печеночные и листостебельные мхи с территории бывшего СССР и из Западной Европы, наиболее старые образцы собраны П.Н. Крыловым еще в Казани. В советское время коллекция мохообразных пополнена сборами С.В. Гудошникова из Южной Сибири, Э.Д. Крапивкиной из реликтового липового острова и Ю.А. Львова с территории Западно-Сибирской низменности. Мхи, собранные до 1917 г. определены по просьбе П.Н. Крылова Бротерусом, до 1970 г. определение проводила А.Ф. Бачурина (Украина), печеночные мхи, собранные П.Н. Крыловым, определяла Е.Я. Зенкова. Коллекция споровых растений используется только в специальных исследованиях, в настоящее время не пополняется. Имеются неразобранные образцы.
Отдел учебного гербария (около 4.5 тыс. гербарных листов) содержит образцы, используемые в качестве демонстрационного материала на лекциях по систематике растений. Выделен из дублетного отдела и оформлен в 1922 г. Л.П. Сергиевской, по мере требования расширялся. Растения смонтированы на более плотной бумаге, чем основной фонд. Учебный гербарий подвержен порче из-за частого использования. В 2007 г. передан на кафедру ботаники, которая осуществляет учебную работу.
Отдел тематических коллекций выделен еще в 50-х гг. ХХ века, но был невелик и хранился в папках. В начале 80-х гг. коллекции оформлены в большем объеме. Отдел включает коллекции лекарственных, пищевых, сорных, ядовитых растений, редких растений Томской области и редких растений Сибири. Гербарные образцы снабжены, кроме обычных этикеток, этикетками большего формата, на которые помещены дополнительные сведения, специфические для каждой коллекции. Используется для демонстрации при проведении научно-популярных лекций в Гербарии.
Коллекция семян стала наполняться в 50-х годах ХХ века. Полностью оформлена в 1984 г. И.И. Гуреевой. Семена хранятся запаянными в пакеты из полиэтиленовой пленки, в них же запаяны этикетки с указанием вида растения и места сбора. Коллекция содержит семена более 1 тыс. видов голосеменных и покрытосеменных растений. В настоящее время не пополняется.