Отдел Средней Азии (около 40 тыс. гербарных листов) был образован П.Н. Крыловым в самом начале существования Гербария как «гербарий Семипалатинска и Семиречья», затем – «гербарий Туркестана», окончательно коллекция была оформлена Л.П. Сергиевской в конце 30-х годов. Основу коллекции составили сборы Г.Н. Потанина (1863–1864 гг.) с Тарбагатая и Призайсанского края, которые были обработаны П.Н. Крыловым. Богатые и ценные материалы поступили из экспедиций В.В. Сапожникова и Б.К. Шишкина в Семиречье и Зайсанский уезд, ценные коллекции получены от Н.В. Павлова из Казахстана, сюда же поступили дублеты знаменитых исследователей Средней Азии А.Г. Шренка, А. Регеля, Г.С. Карелина и И.П. Кирилова. В результате работы по типификации часть сборов из коллекции Г.С. Карелина и И.П. Кирилова выделена в качестве изолектотипов и перемещена в коллекцию типовых образцов. В советское время коллекция пополнялась в порядке обмена с Гербариями Киргизии и Узбекистана и за счет сборов студентов, участвовавших в экспедициях в Среднюю Азию.
