Отдел Западной Сибири (около 65 тыс. гербарных листов) – первый отдел Гербария, организованный как гербарий Алтая и Томской губернии в 1885, после 1918 переименован в отдел Западной Сибири. В нем представлены сосудистые растения со всей территории Западной Сибири и частично из смежных районов Урала и Северного Казахстана. Основу коллекции составляют многолетние сборы П.Н. Крылова с Урала, Алтая, Кузнецкого Алатау, Северного и Восточного Казахстана и почти всей территории Западно-Сибирской равнины. Сюда вложены сборы В.В. Сапожникова с Алтая, из Обской Арктики, Томской обл., Б.К. Шишкина с Алтая, В.В. Ревердатто и Л.Ф. Ревердатто с Алтая, Кузнецкого Алатау и степей Западной Сибири, Л.П. Сергиевской из Томской обл. и других районов Западной Сибири и Казахстана, Г.П. Сумневича с Алтая и Нарымского хребта, Л.Б. Колокольникова из Кузнецкого Алатау и др. Здесь хранятся сборы геоботаников Томской школы Л.В. Шумиловой, А.В. Куминовой и др. После создания при Томском университете в 1968 г. Научно-исследовательского института биологии и биофизики (НИИ ББ при ТГУ) отдел значительно пополнился в результате проведения лабораторией флоры и растительных ресурсов экспедиций по изучению растительных ресурсов Алтая под руководством заведующего лабораторией Ю.П. Сурова. Большая коллекция с территории Томской области была собрана Н.Ф. Вылцан и Е.П. Прокопьевым. С конца 70-х годов ХХ в. коллекция пополнилась значительными сборами экспедиций А.С. Ревушкина с Алтая.
Отдел Приенисейской Сибири (около 42 тыс. гербарных листов). Коллекция начала комплектоваться в начале ХХ в. из сборов П.Н. Крылова (1892 г.) на Мирском и Араданском хребтах, но не была надлежащим образом оформлена. В период работы Переселенческого управления (1912–1914) и далее в советский период коллекции этого отдела увеличились многократно. В нем представлены виды с обширной территории от полуострова Таймыр до высокогорий Саян, в основном в пределах административных границ Красноярского края и бывшей автономной области, а ныне – Республики Хакасия. Основу коллекции составляют сборы из многочисленных экспедиций В.В. Ревердатто, который начал исследование этой территории будучи студентом Томского технологического института, а став профессором Томского университета совершил в Красноярский край 12 экспедиций. Сборы на этой территории продолжали его ученики – В.П. Голубинцева, З.И. и В.В. Тарчевские, В.Д. Нащокин, А.В. Положий и др. Прекрасные сборы с Саян сделаны М.В. и А.В. Куминовыми, С.И. Глуздаковым, С.В. Гудошниковым. Из труднодоступных районов Эвенкийского национального округа привезли значительные коллекции А.В. Шумилова, Л.И. Оболенцев, А.В. Положий, Н.А. Олонов. Многочисленные материалы собраны в последние годы на Западном Саяне, Кузнецком Алатау и степных районах Хакасии сотрудниками Гербария им. П.Н. Крылова в связи с выполнением научных тем и грантов. В сборе коллекций этого отдела Гербария большое участие принимали студенты и аспиранты кафедры ботаники ТГУ.