Важным показателем, характеризующим фонды и ценность Гербария является число аутентичных образцов. Отдел типовых образцов, как и во всех Гербариях России (тогда – СССР) выделен в качестве отдельной коллекции в 80-х годах ХХ века. Руководила этой работой А.В. Положий, оформлялась коллекция В.Ф. Балашовой. В коллекцию выделяются из основного фонда типовые (аутентичные) образцы, по которым описаны виды, подвиды, разновидности и гибриды растений. В настоящее время коллекция типов включает голотипы, изотипы, паратипы, лектотипы, изолектотипы и синтипы таксонов, описанных в основном из Сибири, а также типовые образцы, полученные из других гербариев, всего около 2 тыс. образцов более 700 таксонов. Основу коллекции составляют типовые образцы (главным образом – голотипы) таксонов, описанных ботаниками Томского университета – П.Н. Крыловым, В.В. Сапожниковым, Л.П. Сергиевской, Б.К. Шишкиным, В.В. Ревердатто, Г.П. Сумневичем, А.В. Положий и др. Кроме того, в коллекции имеются типовые образцы видов, описанных в XIХ веке Н.С. Турчаниновым, С.И. Коржинским, А.Г. Шренком, А. Регелем, А. Бунге, И.М. Крашенинниковым. Коллекция типов значительно пополнилась при пересмотре отдела флоры Средней Азии: из материалов, собранных в XIХ веке известными русскими ботаниками Г.С. Карелиным и И.П. Кириловым было выделено более 100 типовых образцов (главным образом, изолектотипы). В последние десятилетия коллекция пополнилась типовыми образцами таксонов, описанных А.С. Ревушкиным, В.И. Курбатским, И.И. Гуреевой, М.В. Олоновой, А.Л. Эбелем и др. Выделение типовых образцов из коллекций – большая исследовательская работа, которая не может быть выполнена единовременно, выделение их продолжается уже более 20 лет. В настоящее время работу по выделению и типификации типовых образцов из коллекций Гербария выполняют заведующая Гербарием И.И. Гуреева и ведущий инженер Гербария В.Ф. Балашова.